Water- en luchttransport in de bodem wordt niet alleen bepaald door de textuur van de bodem, maar vooral door de structuur. De bodemstructuur geeft de stapeling van bodemdeeltjes weer en de mate waarin bodemdeeltjes al dan niet in grotere structuurelementen samengeklit zijn. Deze structuurelementen worden gevormd door een combinatie van factoren: elektrische en chemische bindingen, ijzeren aluminiumhydroxiden, humus en gelatineuze stoffen die geproduceerd worden door plantwortels en bodemorganismen. Het organische stofgehalte speelt een belangrijke rol in de vorming van een stabiele bodemstructuur, ondermeer door de activiteit van allerlei bodemorganismen te bevorderen.

Binnen de structuurelementen gelden wel nog steeds de eigenschappen van de afzonderlijke bodemdeeltjes. Vooral grond met een hoog zand- of leemgehalte vormt niet gemakkelijk grotere structuurelementen, waardoor hier vooral de textuur belangrijk is voor de bodemkarakteristieken. Structuurvorming in de bodem is een traag proces, het vernietigen van de bodemstructuur kan daarentegen zeer snel gaan door bodemverdichting, bijvoorbeeld door met zware machines over een natte bodem te rijden. Hoe beter de structuur ontwikkeld is, hoe beter dit is voor boomgroei. De aanwezigheid van voldoende grote en kleine poriën en van stabiele, afgeronde en kruimelige structuurelementen zijn kenmerkend voor een goede structuur. Boomwortels ontwikkelen zich doorgaans in de macroporiën (>0,1 mm), terwijl de microporiën (<0,1 mm) voor de planten beschikbaar water vasthouden en ruimte bieden aan haarwortels, schimmels en bacteriën, die essentieel zijn voor de nutriëntenopname en de mineralenkringloop. [caption id="attachment_6910" align="aligncenter" width="379"] Een structuurrijke bodem zorgt voor een betere
boomgroei.[/caption]

Een intensieve beworteling wijst op een goede structuur, maar omgekeerd verbetert doorworteling ook de bodemstructuur. Boomwortels vergroten door hun diktegroei poriën en laten deze na als ze afsterven. Slijmerige stoffen gevormd door de wortels zorgen er bovendien voor dat de bodemdeeltjes samenklitten. Zo heeft een bosgrond met een hoog organische-stofgehalte en een rijk bodemleven meestal een goede structuur. Bodems in een verstedelijkte omgeving, zelfs in parken en openbaar groen, zijn vaak structuurarm. Ze zijn vaak door de mens verstoord en hebben een laag organische-stofgehalte, onder andere door het verwijderen van strooisel. Veel bodems zijn vergraven, gemengd of uitgespreid, wat meestal structuurvernietigend werkt. Ook regen of beregening op een naakte bodem kan de bodemstructuur oppervlakkig vernietigen en een dichte, slecht doorlaatbare korst vormen.